La flota atunera española ha invertido 4 M€ en distintas medidas unilaterales para favorecer la sostenibilidad de esta pesquería. La flota comenzó a desarrollar este proceso inversor, de manera sectorial, en 2012, tras observar y analizar la evolución de algunas especies en ciertas aguas en las que faena, y con el objetivo de crear e implantar una política de pesca sostenible y minimizar al máximo las capturas incidentales existentes en esta pesquería. Según señala el secretario general de CEPESCA y presidente de Europêche, Javier Garat, "esta industria una de las más concienciadas sobre la gestión responsable de esta pesquería, ya que, entre las actuaciones llevadas a cabo, se ha contemplado la formación de las tripulaciones sobre buenas prácticas".
Buena parte de las inversiones realizadas por la flota atunera española a favor de la sostenibilidad se han destinado a la sustitución paulatina de FADs tradicionales (Dispositivos de Concentración de Peces o Fish Aggregating Device) por nuevos modelos respetuosos con el ecosistema marino. A pesar de que la utilización de estos objetos se identifica, por parte de los grupos de presión ecologistas, como factor causante de la sobrepesca de túnidos, se trata de un argumento, en opinión de los atuneros españoles, sencillamente falso, ya que la posible sobrepesca de algunas especies puede atribuirse, y de manera directa, al aumento de la flota.
Al margen de estas inversiones en el desarrollo de nuevos FADs, la flota ha llevado a cabo, entre otras iniciativas, un “Código de Buenas Prácticas para la Pesca Atunera de Cerco Responsable”, ha embarcado voluntariamente observadores en todos sus buques, excediendo así las exigencias normativas existentes, y ha desplegado sistemas electrónicos de control (Observador Electrónico A Bordo). Cabe destacarse también los planes de formación y prevención de accidentes para las tripulaciones, así como la Iniciativa Transparencia Atunera (TTI), en colaboración con el Consejo Consultivo Regional de la Flota de Larga Distancia en Aguas no Comunitarias (LDRAC) y la Conferencia Ministerial de Cooperación Pesquera entre Estados Africanos del Atlántico (COMHAFAT).
Con el objetivo de asegurar la sostenibilidad, la flota atunera demanda, además, la puesta en marcha de dos iniciativas que entiende serían de gran efectividad. Por un lado, acometer un análisis de la capacidad de pesca, océano por océano, y reducir el número de buques en aquéllos donde quede demostrada la sobrecapacidad. Igualmente, también solicita la prohibición total de los transbordos en alta mar de la flota asiática de palangre. Esta práctica está prohibida desde hace tiempo para la flota de cerco europea. Cabe destacar que el grueso de las capturas de dos de las especies que podrían encontrarse en situación de sobreexplotación en el océano Pacífico: rabil (yellowfin tuna o YFT) y patudo (bigeye tuna o BET), se realiza por parte de otros países, fundamentalmente asiáticos.
Cabe señalar también que la flota atunera europea es una de las mejor dimensionadas del mundo, ya que, lejos de crecer, se ha reducido de manera sustancial en los últimos años debido a las exigencias normativas para la construcción de nuevos buques en el ámbito europeo, exigencias que no se aplican en el resto de flotas. Con 86 buques (29 españoles, 22 franceses y 35 de la flota asociada), la flota atunera europea representa tan sólo el 12% de la pesquería atunera mundial y captura un total de 496.182 t de túnidos (253.531 t por la flota española, 105.181 t por la francesa y 137.470 t por la de pabellón extranjero). La mayor parte de estas capturas corresponden al atún listado (skipjack tuna o SKJ) con un 60%; seguido del rabil (yellowfin tuna o YFT) y el patudo (bigeye tuna o BET), con un 35% y 5% de las capturas, respectivamente.